Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 C1GALT1P3-201ENST00000522049 819 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 SPINK14-202ENST00000562793 157 ntTSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 PDCD6IPP2-207ENST00000566321 1069 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 FOPNL-207ENST00000575073 530 ntTSL 2 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC095055.1-201ENST00000603472 1113 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC008814.1-201ENST00000603797 406 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AL023583.1-201ENST00000607518 1143 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC083809.1-201ENST00000615051 472 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 MFAP3L-203ENST00000393704 5827 ntTSL 1 (best) BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LUC7L2-201ENST00000263545 2287 ntTSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AL158835.1-203ENST00000415305 3149 ntTSL 1 (best) BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 EPG5-201ENST00000282041 12633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ZNF224-201ENST00000336976 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CASC19-281ENST00000642118 1554 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RIF1-201ENST00000243326 15003 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TMED10-201ENST00000303575 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 C5orf51-204ENST00000612065 1391 ntTSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC114947.2-201ENST00000565748 2125 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 GJC1-207ENST00000590758 7566 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RNU1-43P-201ENST00000365052 165 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 KRTAP3-2-201ENST00000391587 702 ntAPPRIS P1 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 PPIAP9-201ENST00000403866 498 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RPL23AP18-201ENST00000416139 468 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AL136140.1-201ENST00000436113 473 ntTSL 3 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 H3F3BP1-201ENST00000440551 403 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 Z92846.1-201ENST00000456203 268 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC092754.1-201ENST00000472975 479 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 OR4A17P-201ENST00000526032 904 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 USP3-AS1-202ENST00000559357 455 ntTSL 2 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC104938.1-202ENST00000563041 630 ntTSL 3 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC087283.1-201ENST00000604029 1074 ntBASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 DUXB-201ENST00000633875 1079 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 MYOCOS-202ENST00000636788 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 GVQW2-203ENST00000641401 327 ntAPPRIS P1 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 PIGN-220ENST00000638167 4195 ntTSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CIITA-201ENST00000324288 11952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 GDNF-AS1-202ENST00000510986 1941 ntTSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CACNA1C-220ENST00000399655 13433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RGS6-204ENST00000404301 1497 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RGS6-206ENST00000407322 1497 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LEPR-208ENST00000616738 5081 ntTSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 FNIP1-202ENST00000307968 6388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CASP8-203ENST00000323492 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 UTP14C-201ENST00000521776 5529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 VPS50-202ENST00000305866 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 DTNA-227ENST00000597599 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 GNAS-202ENST00000306090 477 ntTSL 5 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TRAJ25-201ENST00000390512 60 ntAPPRIS P1 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 DEFB113-201ENST00000398718 249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CYP2AC1P-201ENST00000407830 1173 ntBASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC104462.2-201ENST00000418402 271 ntTSL 3 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TPT1P12-201ENST00000448968 492 ntBASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC025271.2-201ENST00000566990 800 ntTSL 3 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC011473.2-201ENST00000596286 240 ntTSL 3 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC068790.4-201ENST00000602474 263 ntBASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 KIAA0100-201ENST00000389003 6852 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LINC00347-202ENST00000594461 2371 ntTSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 NEDD9-202ENST00000379446 4536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 EPB41L2-220ENST00000528282 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ATP5S-202ENST00000311459 10212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ZFYVE16-206ENST00000510158 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 FAM227A-205ENST00000535113 10322 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ZNF420-202ENST00000337995 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 DOCK4-AS1-201ENST00000452714 2494 ntTSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TYW3-201ENST00000370867 3430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 R3HDM1-203ENST00000409606 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ZNF107-205ENST00000613690 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TTC39B-208ENST00000512701 10483 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 PHC3-203ENST00000467570 2595 ntTSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CDK14-206ENST00000436577 4787 ntTSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TLR10-201ENST00000308973 3958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC091045.1-201ENST00000561460 2277 ntTSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LIX1-AS1-201ENST00000504578 1793 ntTSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 SLC4A10-201ENST00000272716 3414 ntTSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RPS4XP9-201ENST00000405151 780 ntBASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC016712.1-201ENST00000431088 378 ntBASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 KCNIP1-205ENST00000434108 726 ntTSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LINC00601-201ENST00000456514 1168 ntTSL 3 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC011287.2-201ENST00000456809 842 ntTSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC008897.1-201ENST00000494006 347 ntBASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC134349.2-201ENST00000535136 910 ntBASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC091117.1-201ENST00000560967 426 ntTSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 GMFG-202ENST00000594700 397 ntTSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC244107.2-201ENST00000611773 76 ntBASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC072062.1-209ENST00000627336 772 ntTSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LINC00850-201ENST00000629221 685 ntTSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TMEM257-201ENST00000408967 2441 ntAPPRIS P1 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 FOXJ3-209ENST00000545068 5165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ORC4-214ENST00000535373 6710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AP3B1-204ENST00000519295 3986 ntTSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 LCOR-201ENST00000286067 4542 ntBASIC8.11□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 CCR5-201ENST00000292303 3450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 RUNX1T1-205ENST00000436581 7454 ntTSL 5 BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 DDX58-201ENST00000379868 4089 ntTSL 5 BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 AC114774.1-201ENST00000507410 1770 ntBASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 TRAPPC13-202ENST00000399438 3221 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ZNF486-201ENST00000335117 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 OR8D4-201ENST00000321355 1331 ntAPPRIS P1 BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 EIF3E-206ENST00000519030 1324 ntTSL 5 BASIC8.1□□□□□ -1.11
TCOF1Q13428 ABLIM1-214ENST00000533213 7606 ntTSL 5 BASIC8.1□□□□□ -1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 150.1 ms