Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 HMGB1P44-201ENST00000508597 572 ntBASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC091180.4-201ENST00000511322 245 ntTSL 2 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC124854.1-201ENST00000512210 511 ntTSL 3 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC131532.1-201ENST00000555596 519 ntTSL 4 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC066613.1-201ENST00000559977 1053 ntTSL 2 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AP005242.1-201ENST00000583946 467 ntTSL 3 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC005324.5-201ENST00000584540 571 ntTSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC022098.3-201ENST00000590715 315 ntTSL 3 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 KALRN-204ENST00000360013 10806 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 VPS41-203ENST00000395969 3181 ntTSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 HSPA8P18-201ENST00000439846 1928 ntBASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 NDUFA4-201ENST00000339600 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ZEB1-208ENST00000542815 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 STAG1-201ENST00000236698 5951 ntTSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 MFSD8-216ENST00000641147 4009 ntBASIC8.33□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ESRRG-205ENST00000366937 5365 ntTSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 NIT2-201ENST00000394140 7289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL592402.1-201ENST00000417161 440 ntTSL 4 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 LINC01436-201ENST00000457157 1048 ntTSL 2 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 TEK-204ENST00000519097 3836 ntTSL 2 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC079075.1-201ENST00000559543 878 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC106730.2-201ENST00000566641 540 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC006116.3-201ENST00000592968 361 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AP000904.1-201ENST00000609911 951 ntTSL 3 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AP002799.1-201ENST00000623552 423 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 LINC02035-201ENST00000610128 5476 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 LZTFL1-215ENST00000536047 4342 ntTSL 2 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 MRO-201ENST00000256425 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 RAD23B-202ENST00000416373 3835 ntTSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 TSPAN8-202ENST00000393330 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ZFY-202ENST00000383052 5113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 PROX1-AS1-202ENST00000433082 5266 ntTSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AGBL1-201ENST00000441037 3551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ZC3H11A-201ENST00000332127 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 FAS-203ENST00000355279 983 ntTSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 OR4K12P-201ENST00000406538 961 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 RNA5SP487-201ENST00000410186 122 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC109779.1-201ENST00000414475 573 ntTSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 BX679664.2-201ENST00000439282 283 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC092637.1-201ENST00000444745 510 ntTSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 CENPK-210ENST00000510354 1124 ntTSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 HHIP-AS1-203ENST00000512359 646 ntTSL 3 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC120193.1-201ENST00000518988 741 ntTSL 2 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AP000769.2-201ENST00000602344 396 ntBASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 GBA3-206ENST00000610628 2154 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 SGMS2-203ENST00000394686 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 REST-201ENST00000309042 7300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 SLC4A8-203ENST00000453097 11824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 DDX60-201ENST00000393743 6071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 OR4F13P-202ENST00000560066 2054 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 EPC2-201ENST00000258484 3649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 CLIP1-AS1-201ENST00000535976 1745 ntTSL 3 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ELMO1-203ENST00000396045 2524 ntTSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ZNF969P-201ENST00000510345 2341 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 TMPRSS15-201ENST00000284885 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 KIF1B-203ENST00000377083 5885 ntTSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 SLCO1C1-209ENST00000545604 2557 ntTSL 2 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 PBX1-221ENST00000612123 6062 ntTSL 5 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ZBTB38-202ENST00000441582 3662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 SPANXN1-201ENST00000370493 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL451142.1-201ENST00000375867 775 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 RNA5SP87-201ENST00000384155 118 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 TRAJ58-201ENST00000390481 63 ntAPPRIS P1 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 RPL11P3-201ENST00000395256 523 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC008060.2-201ENST00000415333 468 ntTSL 3 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL590666.1-201ENST00000428641 433 ntTSL 2 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 ATP13A4-AS1-202ENST00000431512 394 ntTSL 3 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL049745.1-201ENST00000433953 286 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC019117.1-204ENST00000451792 442 ntTSL 3 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL389915.2-201ENST00000454576 441 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 MTND6P2-201ENST00000512226 524 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 UQCRB-209ENST00000523920 695 ntTSL 5 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC122688.1-201ENST00000541494 223 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC073569.1-201ENST00000548469 667 ntTSL 2 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 OR11H3P-201ENST00000554547 982 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 H3F3BP2-201ENST00000583907 357 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC239809.3-208ENST00000611452 531 ntTSL 5 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AP002505.2-201ENST00000623585 696 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC135068.5-201ENST00000624197 983 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC097495.1-201ENST00000637675 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 SAMMSON-209ENST00000641222 1100 ntBASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 HOMEZ-203ENST00000561013 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 PPIL1-201ENST00000373699 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 PAK3-201ENST00000262836 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 PAK3-205ENST00000417227 2196 ntTSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 MSR1-204ENST00000381998 2826 ntTSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 UGT2A1-205ENST00000512704 2519 ntTSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 HDAC9-203ENST00000406072 4102 ntTSL 5 BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 LRRC49-201ENST00000260382 2784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC013268.3-201ENST00000262716 2324 ntBASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 MAVS-202ENST00000428216 11714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 LRRC49-223ENST00000560369 2586 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 CPS1-201ENST00000233072 5821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 CRYAB-201ENST00000227251 848 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 RGS10-201ENST00000369101 738 ntTSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 MRRF-207ENST00000373729 870 ntTSL 3 BASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL009179.1-201ENST00000406085 265 ntBASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL133325.1-201ENST00000421090 382 ntBASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AC245028.1-201ENST00000423259 256 ntBASIC8.3□□□□□ -1.08
TCOF1Q13428 AL360081.1-201ENST00000428299 555 ntBASIC8.3□□□□□ -1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 251.2 ms