Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC114728.1-201ENST00000488289 483 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MGAT4D-203ENST00000511113 1125 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC010230.1-201ENST00000514115 443 ntTSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PCNAP4-201ENST00000532690 730 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC025031.1-201ENST00000552634 562 ntTSL 4 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 GNG2-208ENST00000554875 430 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC004160.1-210ENST00000599875 689 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 FAM72A-208ENST00000607379 1139 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC112211.1-201ENST00000607832 305 ntTSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL352984.2-201ENST00000611153 546 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 NF1P10-201ENST00000613227 742 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC004477.3-201ENST00000614061 590 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PCBP1-AS1-282ENST00000625783 826 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL049767.1-202ENST00000637826 242 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF112-202ENST00000354340 3654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01450-201ENST00000443406 3263 ntTSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ELMOD2-201ENST00000323570 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AOX3P-204ENST00000491025 2107 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF850-202ENST00000591344 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RASSF8-201ENST00000282884 1994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL606516.1-201ENST00000455438 1861 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PSG5-210ENST00000599812 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC009404.1-201ENST00000420330 3090 ntTSL 3 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 NUP107-211ENST00000539906 3004 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SEMA3A-201ENST00000265362 8225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 DAZ2-202ENST00000382306 3781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ANO4-201ENST00000392977 3509 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR3-202ENST00000499666 4226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF540-201ENST00000316433 3099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF682-201ENST00000358523 2161 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC087516.2-201ENST00000558963 3042 ntTSL 3 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PRSS37-201ENST00000350549 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 IFNB1-201ENST00000380232 859 ntAPPRIS P1 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AP003170.5-201ENST00000397185 335 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SNRPEP6-201ENST00000407465 277 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SDHDP6-201ENST00000414693 480 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SLC8A1-AS1-202ENST00000417875 344 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RPS15AP30-201ENST00000420976 390 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TAB2-AS1-201ENST00000424421 730 ntTSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CCNB1IP1P1-201ENST00000428976 839 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 C21orf91-OT1-203ENST00000439392 497 ntTSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01891-201ENST00000439798 538 ntTSL 4 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC079922.1-201ENST00000443291 359 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 GEMIN2P1-201ENST00000454246 752 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RPL7L1P3-201ENST00000455249 689 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RN7SL352P-201ENST00000466002 277 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 OARD1-207ENST00000468811 819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RN7SL177P-201ENST00000476596 299 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TMEM97P2-201ENST00000517841 403 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PKIA-AS1-201ENST00000519242 995 ntTSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC090155.1-201ENST00000520800 407 ntTSL 3 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01033-204ENST00000523194 715 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC109466.1-202ENST00000523648 748 ntTSL 3 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 IGHVIII-67-4-201ENST00000524281 296 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 OR56A7P-201ENST00000524865 941 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AP000873.2-203ENST00000528524 549 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 DPPA3P2-202ENST00000557188 1219 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ST20-203ENST00000562759 694 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SNORD95-201ENST00000579879 68 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ODF4-202ENST00000584943 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01533-201ENST00000585739 616 ntTSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL049840.6-201ENST00000604583 345 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RFC1-217ENST00000639695 867 ntTSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LGI1-212ENST00000630184 2936 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 OSBPL9-206ENST00000453295 2842 ntTSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP4-205ENST00000476707 4355 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PLCB1-211ENST00000617005 6458 ntTSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL603840.1-201ENST00000422374 4063 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC02397-201ENST00000504409 10626 ntTSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CC2D2B-201ENST00000344386 1809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ADAM2-207ENST00000622267 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MAPK10-261ENST00000641050 3109 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LRRC7-203ENST00000370958 2375 ntTSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SCN1A-209ENST00000635750 8299 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MTX3-204ENST00000617335 6155 ntTSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RIMS2-209ENST00000507740 8002 ntTSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 POGZ-213ENST00000491586 4130 ntTSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC130360.2-201ENST00000533477 1556 ntBASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF493-203ENST00000392288 5023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ABCB5-203ENST00000406935 1483 ntTSL 2 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TCF4-268ENST00000629387 3789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MNS1-201ENST00000260453 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 OR52N1-202ENST00000641645 2545 ntAPPRIS P1 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 WDR12-201ENST00000261015 8100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ELOVL5-203ENST00000370918 3081 ntTSL 2 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RGPD1-206ENST00000641458 5271 ntAPPRIS ALT2 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LRRC39-202ENST00000370137 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PEX5L-202ENST00000392649 8540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC007342.9-201ENST00000623877 1385 ntBASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SLC2A14-203ENST00000431042 3458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SYNJ2BP-201ENST00000256366 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MRPS36-201ENST00000256441 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC00314-201ENST00000324988 607 ntTSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 KRTAP23-1-201ENST00000334160 211 ntAPPRIS P1 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 FUNDC2P3-201ENST00000334716 533 ntBASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SSX5-202ENST00000347757 1261 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RNU105B-201ENST00000364478 208 ntBASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SSX5-203ENST00000376923 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TRAV35-201ENST00000390462 330 ntBASIC5.84□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SULT6B1-201ENST00000407963 902 ntTSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 135.1 ms