Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC61Q9Y6R9 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC61Q9Y6R9 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms