Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CUX1P39880 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CUX1P39880 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CUX1P39880 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
CUX1P39880 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CUX1P39880 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CUX1P39880 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CUX1P39880 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CUX1P39880 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CUX1P39880 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CUX1P39880 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CUX1P39880 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CUX1P39880 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CUX1P39880 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
CUX1P39880 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms