Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms