Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC54Q8NEL0 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms