Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Ccdc3Q9D6Y1 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Ccdc3Q9D6Y1 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Ccdc3Q9D6Y1 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Ccdc3Q9D6Y1 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Ccdc3Q9D6Y1 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.8 ms