Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CtcfQ61164 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CtcfQ61164 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CtcfQ61164 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
CtcfQ61164 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CtcfQ61164 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CtcfQ61164 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CtcfQ61164 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CtcfQ61164 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.8 ms