Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USF3Q68DE3 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USF3Q68DE3 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms