Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SF3A1Q15459 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SF3A1Q15459 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms