Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
USP4Q13107 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
USP4Q13107 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
USP4Q13107 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
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USP4Q13107 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
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USP4Q13107 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
USP4Q13107 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
USP4Q13107 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
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