Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SYNE3Q6ZMZ3 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms