Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms