Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.91
VPS28Q9UK41 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
VPS28Q9UK41 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms