Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCIF1Q9H4Z3 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms