Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA4Q00056 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms