Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 157.9 ms