Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SMAD4Q13485 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SMAD4Q13485 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms