Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC61Q9Y6R9 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms