Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms