Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC3Q9BQI4 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms