Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD9P28356 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms