Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms