Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USF3Q68DE3 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms