Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP39Q53GS9 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms