Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS54Q9P1Q0 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms