Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP4Q13107 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP4Q13107 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP4Q13107 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
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