Protein–RNA interactions for Protein: Q8C0E3

Trim47, Tripartite motif-containing protein 47, mousemouse

Predictions only

Length 641 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim47Q8C0E3 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC27,9■■■□□ 2,06
Trim47Q8C0E3 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC27,89■■■□□ 2,06
Trim47Q8C0E3 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,88■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC27,87■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC27,87■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,86■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,86■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,85■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC27,85■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC27,84■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC27,84■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,83■■■□□ 2,05
Trim47Q8C0E3 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,83■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,82■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,82■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,82■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC27,81■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,8■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC27,8■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,8■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC27,79■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,79■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27,79■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC27,79■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC27,78■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC27,78■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,78■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,77■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27,77■■■□□ 2,04
Trim47Q8C0E3 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC27,75■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,74■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,72■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,71■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC27,71■■■□□ 2,03
Trim47Q8C0E3 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC27,67■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC27,67■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,67■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,67■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27,66■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,65■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,65■■■□□ 2,02
Trim47Q8C0E3 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Trim47Q8C0E3 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,55■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,54■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC27,54■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC27,53■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC27,52■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,52■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27,52■■■□□ 2
Trim47Q8C0E3 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC27,51■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,5■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,48■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,48■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC27,47■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27,46■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC27,46■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC27,46■■□□□ 1,99
Trim47Q8C0E3 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,43■■□□□ 1,98
Trim47Q8C0E3 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,43■■□□□ 1,98
Trim47Q8C0E3 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC27,42■■□□□ 1,98
Trim47Q8C0E3 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,41■■□□□ 1,98
Trim47Q8C0E3 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,4■■□□□ 1,98
Trim47Q8C0E3 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,39■■□□□ 1,98
Trim47Q8C0E3 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC27,39■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27,38■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,38■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,37■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,36■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,35■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC27,35■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,35■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,34■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,34■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC27,33■■□□□ 1,97
Trim47Q8C0E3 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC27,32■■□□□ 1,96
Trim47Q8C0E3 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC27,32■■□□□ 1,96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12,3 ms