Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC28.08■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC9P31274 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms