Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL6A1P12109 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms