Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
MSH5O43196 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MSH5O43196 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
MSH5O43196 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AL354994.1-201ENST00000445967 194 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSH5O43196 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MSH5O43196 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AL158013.1-202ENST00000419666 520 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MSH5O43196 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 USP3-AS1-204ENST00000559861 620 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSH5O43196 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
MSH5O43196 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
MSH5O43196 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MSH5O43196 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 AC078828.1-201ENST00000471993 458 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MSH5O43196 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 SLC8A1-AS1-218ENST00000610721 956 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MSH5O43196 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MSH5O43196 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms