Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF3Q9UKF6 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms