Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CHD3Q12873 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms