Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YGR117C	YGR117C	1431 nt		3.59	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	ARP9	YMR033W	1404 nt		3.59	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	DSE1	YER124C	1722 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	ASI1	YMR119W	1875 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	DSF2	YBR007C	2211 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	ATP16	YDL004W	483 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	MRPL11	YDL202W	750 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YGR190C	YGR190C	366 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YHL026C	YHL026C	948 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SMD2	YLR275W	333 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	ERG2	YMR202W	669 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YOL107W	YOL107W	1029 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	HNT3	YOR258W	654 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	STD1	YOR047C	1335 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	BCS1	YDR375C	1371 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	GEM1	YAL048C	1989 nt		3.58	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YPR1	YDR368W	939 nt		3.57	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YIL024C	YIL024C	570 nt		3.57	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	PAM18	YLR008C	507 nt		3.57	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	ISW2	YOR304W	3363 nt		3.57	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	MED8	YBR193C	672 nt		3.57	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	FRM2	YCL026C-A	582 nt		3.57	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	MTL1	YGR023W	1656 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	MRH1	YDR033W	963 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	RUB1	YDR139C	234 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YDR250C	YDR250C	276 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	NSA2	YER126C	786 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YFL012W	YFL012W	447 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	OST5	YGL226C-A	261 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SPO11	YHL022C	1197 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	IRC18	YJL037W	675 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	GLG2	YJL137C	1143 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SFH1	YLR321C	1281 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	CTP1	YBR291C	900 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	UTP25	YIL091C	2166 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	OSH3	YHR073W	2991 nt		3.56	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	RDS2	YPL133C	1341 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SAG1	YJR004C	1953 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YGL242C	YGL242C	546 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YGR107W	YGR107W	450 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	MPC3	YGR243W	441 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SVP26	YHR181W	687 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YJL156W-A	YJL156W-A	222 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	LIP2	YLR239C	987 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	FYV5	YCL058C	459 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YOR022C	YOR022C	2148 nt		3.55	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	REC8	YPR007C	2043 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	XRS2	YDR369C	2565 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	HTB1	YDR224C	396 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YKL131W	YKL131W	522 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	TEM1	YML064C	738 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	DLT1	YMR126C	1029 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	OCA2	YNL056W	594 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	snR11	snR11	258 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	RAS1	YOR101W	930 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	PRM4	YPL156C	855 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SWI1	YPL016W	3945 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	RRN7	YJL025W	1545 nt		3.54	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	DAP2	YHR028C	2457 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	SPT6	YGR116W	4356 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YEL050W-A	YEL050W-A	192 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	PMI40	YER003C	1290 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	AML1	YGR001C	747 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	BCD1	YHR040W	1101 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	CFD1	YIL003W	882 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	MMF1	YIL051C	438 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YLL037W	YLL037W	381 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	IDP2	YLR174W	1239 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	URA5	YML106W	681 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	ECM13	YBL043W	774 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	NIS1	YNL078W	1224 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	DDP1	YOR163W	567 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YOR366W	YOR366W	354 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	snR189	snR189	189 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	PGS1	YCL004W	1566 nt		3.53	□□□□□ -1.84
SHP1	P34223	YOL019W	YOL019W	1656 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	UTP5	YDR398W	1932 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	SPH1	YLR313C	1593 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	GPP2	YER062C	753 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	RGI1	YER067W	486 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	BTN2	YGR142W	1233 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YIL161W	YIL161W	708 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YAL004W	YAL004W	648 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	CCE1	YKL011C	1062 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	IDH2	YOR136W	1110 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PPT2	YPL148C	522 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YPR108W-A	YPR108W-A	213 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TAZ1	YPR140W	1146 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PHO88	YBR106W	567 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	PBP2	YBR233W	1242 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	EPL1	YFL024C	2499 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YGL176C	YGL176C	1665 nt		3.52	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YGR027W-B	YGR027W-B	5268 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YLR227W-B	YLR227W-B	5268 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	YPR158C-D	YPR158C-D	5268 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	URA2	YJL130C	6645 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	STE23	YLR389C	3084 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	TLG1	YDR468C	675 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	WBP1	YEL002C	1293 nt		3.51	□□□□□ -1.85
SHP1	P34223	ENT3	YJR125C	1227 nt		3.51	□□□□□ -1.85

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