Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms