Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHHQ15465 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHHQ15465 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHHQ15465 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHHQ15465 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHHQ15465 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
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