Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCL28Q9NRJ3 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCL28Q9NRJ3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms