Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms