Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP54Q70EL1 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms