Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CHD3Q12873 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
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