Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms