Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PTPN9P43378 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN9P43378 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms