Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQE8

RTRAF, RNA transcription, translation and transport factor protein, mousemouse

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTRAFQ9CQE8 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
RTRAFQ9CQE8 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
RTRAFQ9CQE8 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
RTRAFQ9CQE8 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
RTRAFQ9CQE8 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
RTRAFQ9CQE8 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
RTRAFQ9CQE8 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
RTRAFQ9CQE8 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
RTRAFQ9CQE8 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
RTRAFQ9CQE8 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
RTRAFQ9CQE8 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
RTRAFQ9CQE8 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTRAFQ9CQE8 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC20■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
RTRAFQ9CQE8 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.4 ms