Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms