Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms