Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms