Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCA1P28370 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.3 ms