Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC42Q96M95 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms