Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMCH1Q9UPQ0 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
LIMCH1Q9UPQ0 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMCH1Q9UPQ0 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms